Kasım 1966'da Ernesto Che Guevara ve birkaç yoldaşı, ülkedeki askeri diktatörlüğe karşı bir gerilla hareketine önderlik etmek üzere Bolivya'ya gitti. Bolivya Günlüğü, Che ve yoldaşlarının gerçekten çok çetin şartlar altında verdikleri mücadeleyi, özgürlüğe ya da bu uğurda ölene dek savaşmak isteyen kendini adamış gençlerden oluşan bir gerilla grubunun hikayesini anlatıyor. Che Guevara, Boliya Günlüğü'nü dağlarda, CIA destekli Bolivya ordusuyla, açlık ve astımla savaşarak yazdı. Ancak günlüğü okurken, her şeye rağmen, kendi acısına veya çektiği güçlüklere değil, her zaman hedefe odaklandığını görüyoruz. Che, siyasi ve askeri olarak durumlarını sürekli yeni baştan değerlendiriyor ve bir sonraki hamleyi belirliyordu.
Komutan Che'nin artan zorluklar karşısındaki liderliği olağanüstü. Che, bir daha ne zaman yemek yiyeceklerini bilmeseler bile büyük resme, devrime ve uzun vadeli hedefe odaklanmaya devam ediyor. Günlüğün kendisi, Che'yi hiçbir ilave övgüye başvurmadan gerçek bir devrimci lider olarak gözler önüne seriyor.
Che ve yoldaşları, CIA ajanları ve Amerikalı uzmanlar tarafından eğitilen Bolivya ordusunun özel harp birlikleri tarafından yaralı olarak esir alındılar ve katledildiler. Küçük bir ajandaya, okunaksız doktor yazısıyla yazılarak tutulan bu günlük o sırada Che'nin üzerindeydi. CIA tarafından sansürlenmek ve hatta imha edilmek istense de, fotoğrafları çekildi, kayıt altına alındı. Günlüğün kendisiyse yıllarca Bolivya ordusu tarafından bir kasada saklandı. Daha sonra fotokopileri Bolivya dışına çıkarıldı ve ilk olarak Küba'da, ve hemen ardından tüm dünyada yayınlandı.